Tillsammans med sin läromästare, råttan Splinter, är de på jakt efter den sista dosen av ”Ooze” – den mystiska gegga som en gång gjorde att de muterade till jättesköldpaddor. Men dessvärre är den vidrige skurken Shredder dem i hälarna. Med supergeggan i sin ägo ska han kunna skapa en hel armé av mutanter och erövra världen. Hinner våra vänner stoppa honom, innan de själva förvandlas till sköldpadssoppa..?